Ο Βαφές απέχει 37 χμ. από τα Χανιά, έχει υψόμετρο 210 μ. και ο αριθμός των κατοίκων του, μαζί με τα δυο μετόχια του, τον Αρεβίτη και την Αχατζικιά, ανέρχεται στα 261 άτομα. Τα κύρια προϊόντα του χωριού είναι λάδι, χαρούπια, κρασί και κτηνοτροφικά είδη.

Υπάρχουν πολλές εκδοχές σχετικά με την προέλευση της ονομασίας του χωριού. Το 900 μ.Χ. ο Βαφές επεκτεινόταν μέχρι τον ποταμό Βαφέα (= βαμμένος). Από το βιβλίο των Κομνηνών πληροφορούμαστε ότι δεν υπήρχε ποταμός με τέτοιο όνομα.
Άλλη άποψη είναι, ότι λόγω των πολλών επαναστάσεων, που χρονολογούνται από ενετικής και τουρκικής εποχής, ο τόπος ονομάστηκε Βαφές επειδή βάφτηκε με αίμα. Αυτή η ετυμολογία είναι αρκετά απίθανη. Μια τελευταία εκδοχή, η οποία είναι και η πιο πιθανή, είναι ότι το χωριό πήρε τ’ όνομά του από κάποιο Βαφέο, που κατοικούσε εδώ. Η εμφάνιση του Βαφέ στην ιστορία, γίνεται γύρω στα 700 μ.Χ., όταν το χωριό Κούρτσα, που επί Ενετοκρατίας λεγόταν Σκούτζα και βρίσκεται ανατολικά του Βαφέ, καταστράφηκε από τους κουρσάρους και οι κάτοικοί του συγχωνεύτηκαν με το κοντινό χωριό, που ονομάστηκε Βαφές. Στο χώρο αυτόν ήρθαν κι εγκαταστάθηκαν οικογένειες και από τα Σφακιά. Εδώ διαβάστε για την Μάχη του Βαφέ και την Κρυονερίδα.

Στη νεότερη εποχή, κι ενώ η Αθήνα αποτίναζε το γερμανικό ζυγό στις12 Οκτωβρίου 1944, δυό μήνες αργότερα, στις 12 Δεκεμβρίου του ίδιου χρόνου ενώθηκαν οι Γερμανοί σε μια μικρή περιοχή μεταξύ Αποκορώνου και Χανίων και μπήκαν στο Βαφέ με τανκ, χωρίς να καταφέρουν να προχωρήσουν, γιατί οι κάτοικοι είχαν καταλάβει τα υψώματα. Κατά την τελευταία αυτή μάχη, οι Γερμανοί μέτρησαν σαράντα τραυματίες και οι Έλληνες πέντε, που ήταν οι Βαρδής Μπραουδάκης, Ξανθίππη Βαλσαμάκη, Σταύρος Μπριτζουλόκης, Γιάννης Βομβολάκης και Σταμάτης Καλογεράκης. Στο Βαφέ υπάρχει Ενετικό κτίριο που φέρει την επιγραφή: "Μανουήλ Ιερεύς Σκορδίλης", σήμερα χρησιμοποιείται και λειτουργει σαν παραδοσιακή ταβέρνα. Στη θέση Αμπαδιά υπάρχει εκκλησία του Αγίου Ιωάννη του Βαπτιστή, όπου διατηρείται μια παλιά βενετσιάνικη καμπάνα του 1581. Σε υψόμετρο 250 μ., βρίσκεται η εκκλησία του Αγίου Ιωάννη του Ερημίτη. Οι Τούρκοι, το 1866, μπήκαν στην εκκλησία και διαπέρασαν με μαχαίρι την εικόνα του Αγίου. Η εκκλησία των Αγίων Ασωμάτων χρονολογείται από τους βυζαντινούς χρόνους και η οποία έχει χαρακτηριτεί διατηρητέα τελευταία έχει ανακαινιστεί.