Κατά την επανάσταση του 1821, ΟΙ κάτοικοι του Βαφέ κατέφυγαν σε μια σπηλιά, την Κρυονερίδα. Οι Τούρκοι έβαλαν φωτιά κι έπνιξαν με τους καπνούς τα γυναικόπαιδα (γύρω στα 130 άτομα), από τα οποία διασώθηκαν μόνο εφτά....

Τα πετρώματα του σπηλαίου δεν έχουν ιδιαίτερη αξία. Στη χαράδρα Λαγγός, εκτός από το σπήλαιo Κρυονερίδα, υπόρχει και το σπήλαιο Καλαμάτο, το οποίο είναι πολυδαίδαλο, με μικρούς θαλάμους, βάραθρα, σταλακτίτες και σταλαγμίτες. Κατά την επανάσταση του Χαιρέτη, το 1841, ο Βαφές ήταν έδρα της Επαναστατικής Επιτροπής.
Κατά τον Απρίλιο της ίδιας χρονιάς, συγκεντρώθηκαν όλοι οι οπλαρχηγοί και πληρεξούσιοι των επαναστατημένων επαρχιών. Στη συγκέντρωση αυτή παρευρέθηκαν ο Άγγλος ναύαρχος Στιούαρτ, ο πρόξενος της Αγγλίας Όγκλεϊ και ο Μουσταφά Πασάς με το επιτελείο του. Παρά τη σύσταση του Στιούαρτ στους αρχηγούς να μη ζητήσουν ένωση με την Ελλάδα, αλλά αυτονομία ή ηγεμονία, στην ερώτησή του: Τι ζητά ο κρητικός λαός;, οι επαναστάτες σύσσωμοι απάντησαν: Ένωση μετην Ελλάδα! Ο ναύαρχος αποχώρησε θυμωμένος και ο Τούρκος πασάς προσβλήθηκε. Αξίζει να σημειωθεί ότι η Επαναστατική Επιτροπή εξέδιδε την εφημερίδα "Ραδάμανθυς", την πρώτη κρητική εφημερίδα που εκδόθηκε στο νησί.
Τον Οκτώβριο του 1866, συγκεντρώθηκαν στο Βαφέ πολλοί Κρητικοί κι αρκετοί εθελοντές με αρχηγό τον Ι. Ζυμβρακάκη. Οι Κρητικοί πίστευαν, ότι πολεμώντας στο βουνό, θα κέρδιζαν τη μάχη. Ο Χατζημιχάλης, που ήταν επικεφαλής σώματος 1.000 Κρητικών, αρνήθηκε να στρατοπεδεύσει στον κάμπο, με την αιτιολογία ότι ο εχθρός είχε εφταπλάσια δύναμη. Οι Τούρκοι, μετά την πολύνεκρη εκείνη μάχη, απέκοψαν τους εθελοντές, εμπόδισαν κάθε ενίσχυσή τους από τους Κρητικούς και τους ανάγκασαν να υποχωρήσουν θρηνώντας πολλά θύματα. Η μάχη έχει μείνει στην ιστορία σαν "Μάχη του Βαφέ" Ο ποιητής και δημοσιογράφος του περασμένου αιώνα Σοφοκλής Καρύδης εξύμνησε την επανάσταση αυτή μ’ ένα δίστιχο:

Ο αγώνας αυτός στο Βαφέ ήταν τόσο μεγάλης σημασίας, ώστε και ο Βίκτωρ Ουγκό, από την εξορία, θέλοντας να βοηθήσει στον απελευθερωτικό αγώνα της Κρήτης, την εξύμνησε με την πένα του. Μια δεύτερη μάχη, που έγινε το 1867 στο Βαφέ, κατέληξε σε νίκη των Χριστιανών.